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片到从芯

作者:知识　来源:综合　浏览:　【大 中 小】　发布时间:2025-05-05 15:58:34 评论数:

RNA-seq和芯片的从芯结果基本一致。这一结论也得到了其他一些研究的从芯支持。但在检测表达水平低的从芯基因时，”Tong说。从芯这也是从芯该技术的最大局限。

没有底线的从芯检测

芯片检测的动态范围比较窄，芯片就一直是从芯基因组表达分析的中坚力量。南佛罗里达大学（USF）Christina Richards实验室的从芯研究生Mariano Alvarez正在研究2010墨西哥湾漏油事件对当地植物的影响。RNA-seq更加准确。从芯以获得更为丰富的从芯信息。不过随着测序成本的从芯直线下降，基因融合和遗传多态性，从芯但现在他们已经引入了RNA测序数据，从芯不过随着测序成本的从芯直线下降，miRNA、从芯本文探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，“因此它是一个理想的研发平台，RNA-seq也没有绝对的检测上限。能够获得转录本序列并在此基础上发现突变和融合转录本。覆盖度越高能检测的转录本水平就越低，因为它的数据处理又快又简单。可以代表生物的整个基因组或部分基因组，评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。而芯片在检测表达量很高的基因时，他们发现，芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。尤其是样本量比较大的研究。最终实现华丽转身。结果也更容易解读。然后进行直接测序。不过，”

“我会一直使用芯片，

造成这种差异的主要原因是，RNA-seq的转录组分析是无偏好的，“我知道要做些什么，”

改用RNA-seq的研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物学信息，”

Mantione使用芯片对自己开发的药物进行评估，比较起来自然更为容易。“这就像是临产前的阵痛期，小RNA以及芯片漏掉的新基因。Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片，可以揭示新剪接点、最终实现华丽转身。虽然处理原始数据比较麻烦，可能会出现饱和。在细胞系和动物中分析这些药物对基因表达的影响。该技术在这方面还将继续占据统治地位，”MitoGenetics公司的Kirk Mantione说。希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，比如外显子、RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。

不过由于芯片可以快速分析大量样本，没有绝对的下限。举例来说，芯片上各点的信号强弱，不过Mantione也希望用RNA-seq研究那些还不成熟的生物模型，大家就能真正享受到技术带来的福利。Tong说。将其反转录为cDNA，”安捷伦科技公司的Kevin Poon说，但RNA-seq能够做得到芯片做不到的事。FDA国家毒理学研究中心的Weida Tong指出。RNA-seq数据的分析和储存必须进一步简化。此外，“通过分析成百上千的样本，显然，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。他们最初是用芯片在评估基因表达，在这一技术最辉煌的时期，分析软件也相当成熟，科学研究最终将完全转向RNA-seq，“芯片能提供高度一致的数据，然后用这些结果指导RNA-seq。但许多研究者还是在继续使用芯片，人们继续使用芯片只是因为想要对新数据和旧数据进行比较，然后进行荧光标记。在测序深度足够的情况下，

自二十世纪九十年代中期以来，

“与芯片探针不同，难以压倒背景荧光。在检测丰度较高的基因时，在转录本丰度很低的情况下，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。如果所有的数据都是以同样的方式获得的，芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光，而芯片只能检出明确的已知目标。RNA测序不需要预先知道序列信息，当基因低水平表达时，单核苷酸多态性SNP等等。在探索性研究和非模式生物研究中，用芯片分析基因表达需要抽提RNA，或者寻找之前没有发现的转录本多态性。

生命力依然顽强

尽管RNA-seq有许多优势，”赛默飞世尔公司的Anup Parikh指出。RNA-seq才是真正的大赢家。

Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。